Forschung wird benötigt, um neue Gegenstände und Waffen für den Laden freizuschalten. (Manche Gegenstände können schon vorher bei Kämpfen und Missionen gefunden werden). Bessere Forschungen werden durch neue Stufen des Agenten und das Freischalten vorheriger Forschungen freigeschaltet.
Forschung wird mit Stufe 3 nach dem Beenden der zweiten Mission in Kapitel 1 freigeschaltet.
Forschung kostet fast immer Silber, S.H.I.E.L.D.-Punkte und manchmal Instabiles Iso-8. Jede Forschung braucht eine bestimmte Zeit, die durch Gold verkürzt werden kann. Desto fortschrittlicher die Forschung, umso länger die Wartezeit.